# Setzen des Arbeitsverzeichnis, indem sich der Datensatz befindet setwd("C:/Users/knapp/Documents/Guido/GemischteModelle/Datensätze") # # Einlesen des Datensatzes antibio <- read.table("Antibiotika.txt", header=TRUE) # Batch als Faktor setzen antibio$Batch <- as.factor(antibio$Batch) # Struktur des Objekts antibio str(antibio) # Die ersten Zeilen des Datensatzes head(antibio) # # Analyse mit der Funktion lmer im Paket lme4 # Laden des R Paketes library(lme4) # Formelstrukur: (1|Batch) zufälliger Effekt one.way <- lmer(y ~ 1 + (1|Batch), data=antibio) # Zusammenfassende Ausgabe des Objekts one.way summary(one.way) # Intraklasskorrelationskoeffizient für die Chargenvariablilität ( ICC <- 120 / ( 120 + 4.062)) # # Profile-Konfidenzintervalle für die Parameter confint(one.way) # # Darstellung der Profile-Konfidenzintervalle # Dazu wird das Paket lattice benötigt. library(lattice) pr1 <- profile(one.way) xyplot(pr1, aspect=1.3, layout=c(3,1)) # # Vorhersage der zufälligen Effekte ranef(one.way) # # Konfidenzintervallplot für die zufälligen Effekte # Dazu wird das Paket lattice bnötigt. # condVar=TRUE hängt die bedingten Varianzen als Attribut an library(lattice) qqmath(ranef(one.way, condVar=TRUE)) # Wie sehen die ML-Schätzer aus? one.wayML <- update(one.way, REML=FALSE) summary(one.wayML) confint(one.wayML) # # Alternative mit der Funktion lme aus dem R Paket nlme # Laden des R Pakets library(nlme) # Andere Modellstruktur: feste und zufällige Effekte getrennt one.wayNMLE <- lme(y ~ 1, data=antibio, random = ~ 1|Batch) summary(one.wayNMLE) # Wald-Konfidenzintervalle intervals(one.wayNMLE) # Vorhersage der zufälligen Effekte ranef(one.wayNMLE) # # Die ML-Variante one.wayNMLE.ML <- lme(y ~ 1, data=antibio, random = ~ 1|Batch, method="ML") summary(one.wayNMLE.ML) # # Eine weitere Alternative; nicht im Begleitskript # Funktion gls mit Spezifikation der Korrelationsstruktur der zufälligen Effekte library(nlme) one.wayGLS <- gls(y ~ 1, data=antibio, correlation=corCompSymm(form= ~ 1|Batch)) summary(one.wayGLS) sqrt(124.062)